Le Conseil de ministres du 20 avril 2001 donne son feu vert au projet d'accord de coopération, à négocier maintenant avec les Régions: après 10 ans de tergiversations en tout genre, le dossier RER pourrait finalement sortir du tunnel. A défaut d'entrer en gare, il entame à tout le moins la dernière ligne droite. 

               Pour mémoire, le projet consiste en une offre intégrée de transports en commun dont l'ossature est le réseau ferroviaire dans un rayon de 30 kilomètres autour de Bruxelles. Cette  ossature est complétée par un réseau d'autobus rapides desservant les zones non couvertes par les chemins de fer. 

               Sur base des travaux du groupe «RER de haut niveau», qui regroupe des représentants du Fédéral, des trois sociétés régionales de transport et des Régions, le projet d'accord          reprend les principaux éléments qui fondent le projet. Ainsi, la configuration du réseau n'a plus bougé puisque le nombre de lignes ferroviaires affectées au RER est de 9 (contre 6    auparavant). 

               Le projet aborde également l'organisation de l'offre, les mesures d'accompagnement du RER et les dispositions prioritaires. Autant d'éléments qui doivent faire l'objet de discussions avec différents intervenants puisqu'ils induisent, en vrac, l'aménagement de gares, de parkings, de sites d'autobus, la mise en place de certains services annexes de proximité (crèches,), les extensions de capacité vers Ottignies, Nivelles et Denderleeuw, la création du tunnel Schuman-Josaphat et la réalisation du «diabolo» (raccordement de l'aéroport à Louvain
et à la ligne anversoise) pour la desserte de Bruxelles-National.

               Ces travaux d'infrastructure seront financés pour partie par le fonds RER (à concurrence de 65 milliards) et par le plan d'investissement de la SNCB. 

               En termes d'offre, le projet parle d'au moins une fréquence minimale de 4 trains par heure en heures de pointe et de deux trains en heures creuses. Par ailleurs, la SNCB continue à
plancher sur le cahier des charges du matériel roulant comme prévu par le dernier avenant au contrat de gestion qui pourrait être acquis via leasing. 

               Le premier RER devrait être effectif en 2005, il concernerait les lignes R 4 (Grammont - Malines) et R 6  (Termonde - Braine-le-Comte), l'infrastructure pouvant déjà accueillir un réseau express. 

               Reste maintenant à discuter et à finaliser l'accord avec les Régions. La ministre des transports, Isabelle Durant, a dit ne pas vouloir s'enfermer dans un calendrier précis. Tout au plus
escompte-t-elle des premiers résultats pour l'été. Enfin, pour ce qui est du déficit d'exploitation attendu du réseau, Isabelle Durant estime qu'il s'inscrira dans le prolongement de l'accord
fédéral relatif à la SNCB, mais laisse cependant la porte ouverte à une implication régionale en la matière. Une première estimation du déficit fait état de pertes entre 3 et 5 milliards par an.